Ο Δήμος Ηρακλείου, όπως και όλοι οι Δήμοι και Κοινότητες της χώρας μας λειτουργούσε μέχρι 31/12/2010 βάσει του Νόμου 3463/2006 "Κύρωση του Κώδικα Δήμων και Κοινοτήτων" όπως δημοσιεύθηκε στο ΦΕΚ 114 της 8ης Ιουνίου 2006.

Από την 1η Ιανουαρίου 2011 λειτουργεί βάσει του Νόμου 3852/2010 "Νέα Αρχιτεκτονική της Αυτοδιοίκησης και της Αποκεντρωμένης Διοίκησης − Πρόγραμμα Καλλικράτης".

Στις 19 Ιουλίου του 2018, δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ ο Ν.4555/2019 για τη μεταρρύθμιση του θεσμικού πλαισίου της Τοπικής Αυτοδιοίκησης - Εμβάθυνση της Δημοκρατίας - Ενίσχυση της Συμμετοχής - Βελτίωση της αναπτυξιακής λειτουργίας των Ο.Τ.Α. (πρόγραμμα «ΚΛΕΙΣΘΕΝΗΣ Ι»).

Ο Ν.4804/2021 "Εκλογή Δημοτικών και Περιφερειακών Αρχών και λοιπές διατάξεις" δημοσιεύτηκε στις 6 Ιουνίου 2021.

Στις 6 Οκτωβρίου 2023 δημοσιεύτηκε ο Νόμος 5056/2023 για την "Αναμόρφωση του συστήματος διακυβέρνησης Οργανισμών Τοπικής Αυτοδιοίκησης α’ και β’ βαθμού, κατάργηση νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου δήμων, παρακολούθηση επιδόσεων
τοπικής αυτοδιοίκησης οικονομική και διοικητική διαχείριση οργανισμών τοπικής αυτοδιοίκησης, ευζωία των ζώων συντροφιάς, κατασκευή και αναβάθμιση λειτουργούντων χερσαίων συνοριακών σταθμών και λοιπές διατάξεις του Υπουργείου Εσωτερικών" με τροποποιήσεις στον Ν.3852/2010.

Ο Οργανισμός Εσωτερικής Υπηρεσίας του Δήμου Ηρακλείου, ψηφίστηκε με την υπ’ αριθμ. 436/2011 απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου και δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ 2122/2011.