Η Αλικαρνασσός της Μικράς Ασίας αποτελούσε ισχυρό αστικό κέντρο. Ιδρύθηκε στα παράλια της Καρίας, στο νοτιοδυτικό τμήμα της Μικράς Ασίας. πάνω στο βραχώδες ακρωτήριο της Ζεφυρίας ακριβώς απέναντι από την Κω, και επεκτάθηκε στη χερσόνησο ανάμεσα στον Κεραμεικό και τον Ιασικό κόλπο. Στη θέση της σήμερα βρίσκεται η Τουρκική πόλη «Bodrum», χτισμένη ακριβώς πάνω από τα ερείπια της αρχαίας πόλης.

Το Βραχώδες ακρωτήρι της Ζεφυρίας, κάτω ακριβώς από το κάστρο των ιπποτών, αναγνωρίζεται σήμερα ως η περιοχή της πρώτης ελληνικής εγκατάστασης αλλά και της μιας εκ των δύο ακροπόλεων της Αλικαρνασσού. Πρέσβεις της Αλικαρνασσού στη Ρώμη αναφέρουν ως έτος ίδρυσης το 1175 π.Χ. Εντούτοις οι ιστορικοί τοποθετούν την ίδρυση της Αλικαρνασσού λίγο μετά το 1000 π.Χ. Η Αλικαρνασσός υπήρξε Δωρική αποικία.

Στα Μικρασιατικά παράλια κατά την διάρκεια του πρώτου ελληνικού εποικισμού οι πρώτοι κάτοικοι της Καρίας εκτοπίστηκαν προς την ενδοχώρα. Φαίνεται ότι για ένα αρκετά μεγάλο διάστημα η περιοχή ενισχύονταν από αλλεπάλληλα μεταναστευτικά κύματα Ελλήνων από την ηπειρωτική Ελλάδα.

Η ακμή της πόλης ξεκινά ήδη από τον 6ο αιώνα π.Χ. όταν με την ανάπτυξη του εμπορίου γίνονται ισχυρότερες όλες οι Ελληνικές αποικίες της Μικράς Ασίας. Παρατηρείται μία εντυπωσιακή οικονομική και πολιτισμική ανάταση που εντοπίζεται στους τομείς της παιδείας, των επιστημών και της τέχνης. Ο ελληνικός πληθυσμός των παραλίων αυξάνεται και ευδοκιμεί προκαλώντας και νέα κύματα μεταναστεύσεων από την κυρίως Ελλάδα, ενώ την ίδια περίοδο η Αλικαρνασσός συμμετέχει μαζί με τις κυριότερες ελληνικές μικρασιατικές πόλεις και νησιά του Αιγαίου στην Ίδρυση της «Ναύκρατις» της Αιγύπτου.

Το χρονικό όριο που σηματοδοτεί τη μετάβαση από την Παλιά στη Νέα Αλικαρνασσό είναι το έτος 1922. Καθοριστικό γεγονός: η Μικρασιατική καταστροφή. Λέξη κλειδί: προσφυγιά. Γέφυρα: οι άνθρωποι, οι μνήμες και ο πολιτισμός τους.

Μετά το 1922, οι Μικρασιάτες δεν θα επιστρέψουν ποτέ στις ιδιαίτερες πατρίδες τους παρά μόνο ως επισκέπτες. Για να κατανοήσουμε πως πραγματοποιείται η μετάβαση από την Παλιά στη Νέα Αλικαρνασσό είναι απαραίτητο να εντάξουμε την μετακίνηση των Αλικαρνασσέων στο γενικότερο προσφυγικό ρεύμα από την Μ. Ασία στην Ελλάδα και ειδικότερα στην Κρήτη. Οι Μικρασιάτες διώκονται εξαιτίας της εθνικής τους ταυτότητας. Βασική επιδίωξη της τουρκικής πλευράς ήταν α) η εξαφάνιση του ελληνικού στοιχείου από την Μ. Ασία, ώστε να μπορεί να διεκδικήσει τα εδάφη αυτά, επικαλούμενη την εθνική ομοιογένεια του πληθυσμού και β) η ταυτόχρονη αποδυνάμωση του ελληνικού κράτους εξαιτίας της πληθυσμιακής έκρηξης που προκλήθηκε.

O πρώτος διωγμός των Ελλήνων της Μ. Ασίας αρχίζει το 1914. Τότε, παρατηρείται και η σταδιακή άφιξη Μικρασιατών προσφύγων στην Κρήτη και ειδικότερα στο Ηράκλειο. Από το 1915-1919 φιλοξενήθηκαν στο Ηράκλειο γύρω στις 1.500 οικογένειες από τη Μ. Ασία και τα Δωδεκάνησα, συνολικά περίπου 6.000 άτομα. Οι πρώτοι Αλικαρνασσείς πρόσφυγες φτάνουν στην Κρήτη, στη περιοχή της Σητείας και από εκεί στο Ηράκλειο το 1914. Διέμεναν σε παραπήγματα, στην περιοχή της Χανιώπορτας. Απ'' αυτούς λίγοι επιστρέφουν στις εστίες τους την περίοδο 1918 -1919. Το 1921 οι περισσότεροι πρόσφυγες που παραμένουν στο Ηράκλειο είναι από την Αλικαρνασσό και το Αϊδίνι.

Σύμφωνα με τα στοιχεία που προκύπτουν από την πολιτογράφηση των προσφύγων το 1923 στο Ηράκλειο εγκαταστάθηκαν 12.070 πρόσφυγες από τη Μ. Ασία, 325 από τους οποίους κατάγονται από την παλιά Αλικαρνασσό.

Η Ν. Αλικαρνασσός βρίσκεται στο 2,5 χλμ. της κεντρικής αρτηρίας Ηρακλείου - Λασιθίου, στην ανατολική πλευρά του Ηρακλείου. Η γη που παραχωρήθηκε για την ίδρυση του προσφυγικού αυτού συνοικισμού ήταν 6000 στρέμματα με σύνορα από το Βορρά το Κρητικό πέλαγος, από την Ανατολή και το Νότο, τα όρια της επαρχίας Πεδιάδος και από τη Δύση, το Σιλαμιανό ποταμό. Ο χώρος αυτός τηρούσε όλες τις προϋποθέσεις σύμφωνα με τη Διεύθυνση Εποικισμού ώστε να αναδειχθεί σε νέα πατρίδα για τους ξεριζωμένους «Πετρουμιανούς». Βασικό σημείο για την επιλογή της περιοχής ήταν η παραθαλάσσια επίπεδη θέση της που δημιουργούσε στους Αλικαρνασσείς πρόσφυγες συναισθήματα οικειότητας και αποδοχής και ταυτόχρονα εξασφάλιζε επαγγελματικά πολλούς από αυτούς αφού η κύρια ασχολία τους ήταν η αλιεία.

Η διαδικασία ίδρυσης της Ν. Αλικαρνασσού είχε ξεκινήσει από το 1924. Αρχικά, εξελέγη η «αγροτοαστική ομάδα Αλικαρνασσού», και στις 15/10/1924 προκηρύσσεται διαγωνισμός για την ανέγερση 300 οικιών. Η νέα πόλη είχε χωριστεί σε τρεις ζώνες ανάλογα με τα επαγγέλματα των οικιστών.

Η βόρεια ζώνη τα «θαλασσινά» παραχωρήθηκαν στους αλιείς, η νότια τα «γεωργικά» στους αγρότες ενώ η ενδιάμεση κεντρική ζώνη, τα «αστικά» σ''αυτούς που είχαν αναπτύξει αστικές δραστηριότητες, εμπόρους, τεχνίτες, κτίστες, εργάτες. Το σχέδιο της πόλης είχε καλή ρυμοτομία και προέβλεπε την ολοκλήρωση ελεύθερων χώρων και άνετων δρόμων. Τον αρχικό πληθυσμό της Ν. Αλικαρνασσού αποτελούσαν 350 πολυμελείς οικογένειες με καταγωγή από την Παλιά Αλικαρνασσό ή τα περίχωρα.

Η οικονομική και κοινωνική εξέλιξη της Αλικαρνασσού αποτέλεσε μια δύσκολη πρόκληση για τους Αλικαρνασσείς πρόσφυγες, την οποία αποδέχθηκαν με πείσμα παρόλο που βαθιά στις ψυχές τους πίστευαν πως σύντομα θα ξαναγύριζαν στα μέρη τους, στο Πετρούμι. Η πίκρα και η νοσταλγία τους, όμως, δεν έδρασαν ανασταλτικά. Με σκληρή δουλειά και ανεξάντλητη ψυχική δύναμη προσπαθούσαν να «αναστήσουν» την χαμένη τους πατρίδα. Η σύγκριση του παλιού και του νέου τόπου τους ήταν διαρκής και τους ωθούσε σε ολοένα μεγαλύτερες θυσίες ώστε η Νέα Αλικαρνασσός να αναδειχθεί σε άξια διάδοχο της Παλιάς.

Η συνεχής αύξηση του πληθυσμού της Ν. Αλικαρνασσού αποδεικνύει και την προοδευτική της ανάπτυξη. Στην απογραφή του 1940 αναφέρονται 2.127 κάτοικοι, το 1951 αυξάνονται σε 2.912, το 1961 σε 5.132 ενώ το 1971 σε 6.18535.

Η κοινότητα που δημιουργήθηκε έγινε για ιστορικούς λόγους Δήμος το έτος 1986 ενώ το 1999 συνενώθηκε με την τέως κοινότητα Καλλιθέας που περιλάμβανε τους οικισμούς Καλλιθέας, Πρασσά και Καρτερό και αποτελεί πλέον δημοτικό διαμέρισμα του Δήμου.

Τα τελικά αποτελέσματα της γενικής απογραφής πληθυσμού και κατοικιών του 2001 κατέγραψαν στο Δήμο Νέας Αλικαρνασσού πληθυσμό 12.542 κατοίκων.

Από την 1η Ιανουαρίου 2011, σύμφωνα με τον Νόμο 3852/2010 περί "Νέας Αρχιτεκτονικής της Αυτοδιοίκησης και της Αποκεντρωμένης Διοίκησης − Πρόγραμμα Καλλικράτης" η Νέα Αλικαρνασσός αποτελεί την ιστορική έδρα του Δήμου Ηρακλείου.